В вашем случае все стуки происходят иза программатора. Так как програматор отключает отопление котла полностью,то за время простоя котла вода в системе отопления остывает.И при повторном влючении котла вода постепенно нагревается и в это время происходят стуки в отопительной системе.В самого такая же беда,после того как поставил программатор.Приходиться смириться.