В принципе выглядит это так:
1. Делаете Техническое заключение на перепланировку (ТЗ) (делают проектные и инжиниринговые фирмы, имеющие лицензию).
2. Приходите в Инспекцию Госархстройконтроля, платите штраф (для частн.лица макс.800 грн., но это пока), пишите заявление, прилагаете документы и ТЗ. Далее по процедуре (она несложная) создается гос.комиссия, составляется Акт готовности объекта, он вяляется основанием для БТИ для оформления права собственности.
НО все это действует для перепланировок, сделанных до 01.01.2008 года, остальные "висят в воздухе", старое Положение о приемке таких объектов отменили новым, а в новом четко прописали "для объектов збудованых до 01.01.2008 р.", что делать с остальными сейчас Вам никто не правду не скажет.
Поэтому, вариант первый - оформить все с нуля, т.е. с разрешения на строительство и т.д.
Вариант второй - признать право собственности в суде, но на руках у Вас останется только решение суда, БТИ на его основании ничего не даст, ссылаясь на тоже новое положение.
Я бы пока подождала...