На момент начала бомбежек территории Японии (1942г.) у них вообще не было "атомных бомб". Соответственно они не знали сколько у них их будет и когда, да и вообще будут ли. И проиграть войну было вполне реально. Так как Сталин уговорил Рузвельта объявить войну Германии, еще в декабре 41-го. А вот Рузвельт Сталина объявить войну Японии заставить не смог.
Б-29, который, после бомбёжки Японии, приземлился во Владивостоке из-за нехватки топлива, был интернирован вместе с экипажем (то есть взят в плен). И обратно вернули только экипаж больше чем через год. И то под видом побега. Самолет так и не вернули.
Если б японцы захватили Мидуэй, то Калифорния и все Восточное побережье стали бы колонией императора. И Сталин легко бы заключил с Хирохито военный союз, чтоб ослабить Штаты и подурезать им землицы. Так что бомбить Японию в полсилы, чтоб сохранить какие-то города для опыытов, американцы вряд ли бы стали - там все на волоске было.