Знаю хороший способ, чтобы стерилизовать банки в микроволновке для заготовок под варенье.    
Перед обработкой емкости нужно вымыть с содой или хозяйственным мылом, высушить на чистом полотенце, перевернув кверху дном. Сам алгоритм стерилизации таков: 
1. Расставить пустые емкости в микроволновке вместе с заполненным на две трети водой стаканом.  
2. Выставить режим 700-800 Вт.  
3. Продолжать обработку, пока из стакана не выкипит вся вода, обычно это занимает около пяти минут.  
4. Осторожно достать тары, перевернуть на чистое полотенце.