Возвращаясь к инструкции, размеры указаны от нижнего края каждой доски. Я так понимаю, разницы никакой нет. Отличие только в удобстве разметки на месте, выбор за Вами. Мне удобно было по верхним краям. Может показаться проще, если применить шаблон между верхним и нижним краем двух досок, но этот вариант отпал т.к. "гуляла" ширина доски.
Главный нюанс - быть внимательным и не перепутать точку отсчета при разметке. Отмеряйте всегда от нижней (эталонной) доски, добавляя к каждой предыдущей метке необходимый размер шага. Цена ошибки - переделка всей обрешетки.