с самой металлочерепицей такое маловероятно ибо волна выступает как компенсатор расширения, по звуку как что-то во что-то упирается в жару, возможно это и есть плоские элементы (ветровая, конек, подшива)
такое появляется когда крышу монтировали в холода, когда металл не расширен, плюс дерево со временем усыхает и ровные планки сжимает как пружину, и в жару они пытаются сопротивляться)
прям снимать все не нужно, просто попробовать снять саморез и посмотреть возможно отверстие сразу и сдвинется